特色小镇实际上是一个新生词，新事物应该以新的方法论来进行阐述。众所周知，上世纪50年代，国际科技界涌现出第一代系统论，即：控制论、信息论和一般系统论。仅仅过了十年，即上个世纪60年代，第二代的系统就出世了，即，耗散结构、突变论和协同论。但这些理论作为科学方法论仍然难以解释像特色小镇这样一类新城市现象。
到了上个世纪末，第三代系统论即复杂适应理论（CAS）面世了，深刻揭示复杂经济社会体系运行规律提供了方法手段，也弥补了主流经济学的缺陷。用主流经济学来描述特色小镇是完全失败的，因为主流经济学将“特色小镇”看作是某类生产函数或“黑箱”，但用了复杂适应理论以后，情况就改变了。
首先，复杂适应理论认为任何经济社会系统都是动态变化的，而且这种变化不仅是数量和参数上，它还涉及到如熊彼特（Joseph Alois Schumpeter）所说颠覆性的创新。后者涉及技术、组织和经济结构等方面质的变化。改革开放以来，特色小镇经历了四种版本。
1.0版本，即小镇+“一村一品”。当时的小镇是为农村、农业、农民服务的，是农业产前、产中、产后服务的基地；很快有了2.0版本，即小镇+企业集群。以浙江为主要发源地，该省大多数的小镇都有一个企业集群，而且这些企业集群所产的产品都能进入全球产业链，这也导致了浙江经济后来居上。
上世纪末兴起的3.0版特色小镇，即小镇+服务业，尤其是旅游休闲、历史文化特色这一类的产业与小镇的迭加大幅度得到发展。
而4.0版特色小镇，即小镇+新经济体，是特色小镇进入城市的新阶段，特色小镇以形态、产业构成、运行模式等方面的创新，成为城市修补、生态修复、产业修缮的重要手段。改革开发30多年来，特色小镇在中国大地上经历了四个版本的变化。
其次，经济社会系统的变迁还具有一个重要的特征，就是特色。通过创新促使新奇性、多样性的产生，属演化经济学的研究范畴。上世纪60年代哈佛大学商学院著名教授波特（Michael E.Porter）就提到特色小镇的问题，他在一本叫做《国家竞争力》的名著中写到：一个国家或者地区的经济竞争力常常不取决于宏观的数据，而决定于地理上不起眼的“马赛克”。就是指由企业集群形成的特色小镇。4.0版的特色小镇是当前的一个新奇事物，小镇内部新产品、新结构、新创业生态等特点的形成，完全取决于企业家的创新精神以及城市所提供的各种各样的公共品。此类特色小镇的新奇性体现为三种范式：
一是将原来没有特色的小镇改造成新奇的特色小镇；
二是在原有的单一功能区、空城里面植入特色小镇，弥补其原有的不足；
三是将特色不足的小镇，升级改造成为有新奇产业、新奇特色的小镇。
由此可见：特色小镇之“特色”，应有两个维度：
第一个维度是特色的“广度”，即小镇拥有多少种新奇的特色。
第二个维度是特色的“深度”，即唯一性，指的是某个重要产业或者空间的特色，是否具有本地区“唯一性”,还是具有全省、全国或全球“唯一性”？如果具有“全球唯一性”的新奇——特色，那就会立于不败之地了。深度和广度都是重要的体现。
再次，强调社会经济系统的复杂性具体特征。这些复杂性是怎么形成的呢？因为在一座小镇中，各种各样的异质主体之间存在着非线性作用，甚至是无序的互动，因而会产生各种“隐秩序”，从而形成“特色”，这一过程充满“不确定性”。浙江省所有的特色小镇都不是政府规划出来的，而是涌现出来的，但是它也有一些能够“确定”的东西，即它们必定存在“差异”、必定是“创新”、必定是“绿色”、必定是能够“协同互补”，必定是“能体验”。小镇是人住的，必须体现以人为本。虽然不确定的因素很多，但这五方面却是清晰“确定”的。
最后，我们可以看出经济组织的各种复杂性是因为它是由不同的异质主体的变异性、主动的适应性和相互作用共同产生涌现形成的。在4.0版的小镇里，产业和空间的活力源于其个体的自适应性所形成的自组织性，整个小镇就相当于企业孵化器和“双创平台”。所以建设一千个特色小镇，至少要用一千个以上企业的力量自上而下涌动来推动特色小镇的诞生和发展。政府管理小镇，首要的工作是要防止一哄而上；政府要激励企业去创立小镇，而不是取代，更不能取代企业家的功能；政府对小镇应该是简政放权，而不能专权繁政；政府应该是为小镇护航，排除一些利益集团和旧体制的干扰，而不是包办取代；政府要对小城镇科学评估，在此基础上再行奖励，而不能刮风，只有政府有能力刮风、搞大跃进。当前，我们最担心的就是一阵风、一哄而上，造成泥沙俱下，败坏了特色小镇的名誉。
根据第三代系统论——复杂适应理论，我们可以分辨出来什么样的小镇是好的小镇？什么是差的小镇？
第一，自组织。
好的特色小镇是由下而上生成的空间和产业组织，差的特色小镇往往是人为规划的，政府指定的，政府花大力气财政补贴，赶工期建设而成的。在浙江，有一个东阳横店影视小镇，凡是我国历史上消失了的名苑、名园，如阿房宫、圆明园、大观园，那里都有。是一个名叫徐文荣的当地村支部书记，把生产队并起来，逐步形成这个小镇。现在我国百分之六十的历史大片电视剧都在这里产生。每年还吸收几百万游客来参观，活力非常好，资产已达几百亿之巨。它就是自组织的，从下而上自组织规划建设的典范。什么农民的利益、投资者的利益、影视剧作者的利益等，都通过“自组织”得到协同共赢的结果。
第二，共生性。
好的小镇是具有共生性的。它能补主城的缺陷，发挥“三修”的功能。比如坐落在杭州玉皇山基金小镇，玉皇山处在西湖风景名胜区内，这块地周边环境非常漂亮，但不能用于大规模建设，一是国家级风景名胜区，二是地下有南宋皇宫的遗存，著名的八卦田就在这附近。南宋皇帝也要显示自己亲民，每年也要在八卦田里耕作做做样子。改革开放后，农民在这里盖了很多房子，形成了一个生活陶瓷品市场，因经营不善逐渐成为城市“脏、乱、差”的地段。后来把市场取缔了，基本上就是一块废地。一些有创意的结构，考虑到浙江的民营经济要进入资本市场，中间的跳板就是基金，引进了500个基金组织成立了基金小镇，现已有五千亿元的规模。这个新兴的“基金小镇”对城市这个地段“三修”发挥了不可取代的作用。现在的环境比起陶瓷市场好多了，基本没什么污染，而且形成优美协调的环境。仿古的建筑，低容积率办公区、错落有致的园林布局，能够与周边山水产生共生共存的作用。这就把城市破烂的边缘地带，修复成了一个非常漂亮的高级社区，产生巨大的经济效益。这就是个成功的案例。基金经理们心理压力极大，他们需要寻求共识，需要一个基金小镇经常聚在一起，即实现脑力共振，又能放松心情。
第三，多样化。
这指的是小镇特色的种类要多。如建筑本地特色，产业唯一性特色，投资和管理特色等，小镇特色越多，就越能形成多样化的空间，多样化的产业模式，就会产生非常好的生态和经济效益，因为创业生态链形成了。而差的特色小镇是单一性的，产业模式又与城市趋同的，资源是相互冲突，类同的。比如成都边缘的德源镇，原先是个单纯的地产开发区，空置房产很多。当地农民请能人将其转变为一个双创孵化器。先把市容进行改造，专门为年轻人建设创业孵化器，房子以低廉租金出租，创客的空间、风投机构、咖啡厅、茶馆、医院、学校等等配套设施都逐步引进。农民的双创孵化器比政府做的还要强，农民们不会编制宏大的高大上的人为规划，只是紧盯创客的实际需要来持续“补短板”，结果“自组织”式形成了创客天堂。